Au Burkina Faso, tout fonctionnaire incapable d’exercer ses fonctions pour raison de santé doit, sauf cas de force majeure, faire constater son état par un médecin agréé et informer immédiatement son service avec un certificat médical complet. Le médecin indique la période probable de repos nécessaire.
Le congé de maladie est classé selon sa durée :
- Courte durée (jusqu’à 10 jours) : accordé par le chef de circonscription administrative ou le supérieur hiérarchique immédiat, avec maintien complet du traitement.
- Interruption de plus de 10 jours et jusqu’à 3 mois : autorisée par le ministre ou le président d’institution compétent, toujours avec maintien du traitement.
- Longue durée (minimum 3 mois, maximum 6 mois par période, jusqu’à un total de 5 ans) : accordée par le ministre chargé de la fonction publique après avis du Conseil national de santé. Le renouvellement éventuel est également soumis à cette procédure.
Rémunération et avancements :
- Les deux premières années de congé de longue durée : traitement complet, primes et indemnités exclues.
- Les trois années suivantes : moitié du traitement, mais les suppléments pour charges de famille sont maintenus.
- Les fonctionnaires continuent de bénéficier d’avancements d’échelons et de classe, calculés sur une base de note de 8/10 par année considérée.
Cette réglementation est définie par la loi n°081-2015/CNT du 24 novembre 2015 portant statut général de la fonction publique d’État.




