Plusieurs événements historiques ont marqué le 29 septembre sur le continent africain.
En 642, le général arabe Amr ibn al-ʿĀṣ entre à Alexandrie, mettant fin à la conquête arabe de l’Égypte et inaugurant l’ère islamique dans la région. Le 29 septembre 1898, Samory Touré, chef malinké, est capturé par les forces françaises à Nzo (actuelle Guinée), mettant un terme à seize ans de résistance contre la colonisation. Exilé au Gabon, il décède en 1900.
Le 29 septembre 1979, Francisco Macías Nguema, ex-président de la Guinée équatoriale, est exécuté après un procès militaire pour génocide et détournements de fonds, quelques semaines après avoir été renversé par Teodoro Obiang Nguema Mbasogo.
Le 29 septembre 1987, des pluies torrentielles provoquent de graves inondations dans le Natal (actuel KwaZulu-Natal, Afrique du Sud), faisant plus de 500 morts et causant d’importants dégâts matériels. L’année suivante, en 1988, Nelson Mandela reçoit un traitement contre la tuberculose à la Constantiaberg MediClinic en Afrique du Sud, et sa visite est strictement limitée pour raisons médicales.
Enfin, le 29 septembre 1991, Étienne Tshisekedi est nommé Premier ministre du Zaïre (actuelle RDC) à la suite de manifestations en faveur de la démocratisation, mais son autorité demeure limitée face au régime de Mobutu Sese Seko.
